অ্যাম্ফোটেরিসিন বি আরগোস্টেরলের সাথে আবদ্ধ হয়, যা ছত্রাকের কোষের ঝিল্লির একটি প্রধান স্টেরল, এবং ছিদ্র তৈরি করে যা ঝিল্লির প্রবেশযোগ্যতা বাড়ায়। এটি ঝিল্লির অখণ্ডতা ব্যাহত করে ইন্ট্রাসেলুলার আয়ন এবং অণুর লিকিং ঘটায়, যার ফলে ছত্রাক কোষের মৃত্যু হয়। এটি বিস্তৃত বর্ণালীর ছত্রাকনাশক কার্যকলাপ প্রদর্শন করে।